Comment détecter l’ensemble des espèces d’un groupe cible à partir d’un échantillon environnemental ?
Les expertises VigiDNA M, basées sur l’approche « Metabarcoding ADNe », sont principalement utilisées pour le suivi de groupes taxonomiques à enjeux dans les écosystèmes aquatiques ou terrestres et pour l’étude de régimes alimentaires d’espèces animales à partir de fèces. Elles permettent également d’étudier la composition floristique d’échantillons de miel.
Suivi de groupes taxonomiques cibles en milieux aquatiques
Cette approche est développée depuis 2011 par SPYGEN et ses partenaires. Elle est basée sur l’utilisation de couples d’amorces universels* et des technologies de séquençage nouvelle génération. Cette méthode non-invasive permet une détection en aveugle de l’ensemble des espèces d’un groupe cible présentes sur le site étudié et représente ainsi un outil de veille environnementale très performant. Elle permet d’améliorer la détection d’espèces rares, de limiter le coût des opérations d’inventaire et le risque d’introduction de pathogènes ou d’espèces envahissantes dans le milieu lors de l’échantillonnage.
Pour en savoir plus, vous pouvez télécharger : Valentini et al. 2016.pdf
* Technologie brevetée (CNRS – Université Grenoble Alpes)
Étude de régime alimentaire à partir de fèces
Cette méthode d’analyse non-invasive a été mise au point en 2007 par le Laboratoire d’Ecologie Alpine afin de mieux connaitre la biologie d’espèces animales menacées et leurs interactions avec l’écosystème. Elle est basée sur l’extraction de l’ADN contenu dans des fèces puis son amplification à l’aide de couples d’amorces universels*. L’ADN amplifié est ensuite séquencé (séquençage nouvelle génération) et les séquences obtenues sont comparées à la base de référence internationale GenBank à l’aide d’outils bioinformatiques.
Pour en savoir plus, vous pouvez télécharger : Soininen et al. 2009.pdf
* Technologie brevetée (CNRS – Université Grenoble Alpes)
Étude de la composition floristique d’un échantillon de miel
Développée en 2010 par le Laboratoire d’Ecologie Alpine, cette méthode est basée sur l’utilisation d’un couple d’amorces universel pour les plantes* et des technologies de Séquençage Nouvelle Génération. En utilisant les abeilles comme des échantillonneurs environnementaux, il est ainsi possible de connaitre la biodiversité végétale présente sur un site et d’en suivre l’évolution grâce à l’analyse régulière d’échantillons de miel. Cette méthode permet également d’étudier l’origine géographique d’un miel.
Pour en savoir plus, vous pouvez télécharger : Valentini et al. 2010.pdf
* Technologie brevetée (CNRS – Université Grenoble Alpes)
Protocoles d'analyse
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Contrôles qualité
Afin de garantir la qualité de nos analyses, des contrôles sont effectués à chaque étape du protocole. Ils permettent de contrôler la pureté des consommables utilisés, de détecter la présence d’inhibiteurs de PCR ou d’éventuelles contaminations au cours de l’analyse, ou la présence de faux positifs liés à des erreurs d’amplification ou de séquençage. L’ensemble des couples d’amorces universels utilisés sont validés au préalable par des tests in silico (analyses bioinformatiques), in vitro (à partir de tissus) et in situ (sur des sites où la liste des espèces présentes est connue). Les séquences d’ADN obtenues par séquençage nouvelle génération sont comparées à des bases de références génétiques développées spécifiquement par SPYGEN et ses partenaires.
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Contrôles qualité
Afin de garantir la qualité de nos analyses, des contrôles sont effectués à chaque étape du protocole. Ils permettent de contrôler la pureté des consommables utilisés, de détecter la présence d’inhibiteurs de PCR ou d’éventuelles contaminations au cours de l’analyse, ou la présence de faux positifs liés à des erreurs d’amplification ou de séquençage. Les séquences d’ADN obtenues par séquençage nouvelle génération sont comparées à la base de références génétiques internationale GenBank.
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Contrôles qualité
Afin de garantir la qualité de nos analyses, des contrôles sont effectués à chaque étape du protocole. Ils permettent de contrôler la pureté des consommables utilisés, de détecter la présence d’inhibiteurs de PCR ou d’éventuelles contaminations au cours de l’analyse, ou la présence de faux positifs liés à des erreurs d’amplification ou de séquençage. Les séquences d’ADN obtenues par séquençage nouvelle génération sont comparées à la base de références génétiques internationale GenBank.
