L’échantillonnage est une étape cruciale dans la réalisation d’expertises ADN environnemental (ADNe), notamment dans les milieux aquatiques où l’ADN des espèces ciblées est souvent présent en très faible quantité et dilué dans des volumes d’eau importants.
Échantillonnage ADNe en milieu aquatique stagnant
En 2008, le Laboratoire d’Ecologie Alpine a proposé un premier protocole d’échantillonnage d’ADNe basé sur la réalisation de trois prélèvements d’eau de 15 mL. Ce protocole, testé pour la première fois pour l’inventaire de la Grenouille taureau en France, a permis de détecter l’espèce sur l’ensemble des sites où sa présence était avérée (Ficetola et al. 2008 ; Dejean et al. 2012). Néanmoins, lorsque le domaine vital d’une espèce est limité et qu’elle est présente en très faible densité sur le site étudié, l’ADN libéré dans le milieu peut être localisé dans des zones restreintes et la probabilité de prélever cet ADN avec seulement trois échantillons d’eau est alors relativement faible.
En 2011, SPYGEN a développé une nouvelle stratégie d’échantillonnage permettant d’optimiser la détection d’espèces rares. Ce protocole est basé sur la réalisation de 20 prélèvements d’eau de 40 mL tout autour du site étudié. Un sous-échantillon de 90 mL d’eau est ensuite prélevé à partir de ce volume total puis conservé dans de l’éthanol jusqu’à son analyse en laboratoire.
Depuis 2015, l’échantillonnage est effectué à l’aide d’une capsule de filtration stérile (kit VigiDNA SW) qui permet d’éviter l’utilisation d’éthanol et d’augmenter la quantité d’ADN prélevée dans le milieu (20 prélèvements d’eau de 100 mL entièrement filtrés). Ce protocole est aujourd’hui utilisé pour l’ensemble des expertises VigiDNA réalisées dans des mares et des étangs.
Échantillonnage ADNe en milieu aquatique courant
Les prélèvements en milieu aquatique courant sont effectués à l’aide du bateau préleveur VigiBOAT équipé d’une capsule de filtration stérile (kit VigiDNA RW). Pour chaque prélèvement, 30 L d’eau sont filtrés pendant 30 minutes. L’échantillonnage peut être réalisé à partir d’une berge, d’une embarcation ou d’un pont.
Échantillonnage ADNe à partir de fèces
Des analyses ADNe à partir de fèces sont effectuées dans le cadre d’études de régime alimentaire ou d’identifications d’espèces. Afin de garantir une bonne conservation de l’ADN contenu dans chaque fèces, SPYGEN propose un kit de prélèvement permettant une dessiccation rapide des échantillons prélevés sur le terrain.
